Сюжет будет таков:

Затишье в деревне Коноха продолжалось недолго. Несмотря на прошлое поражение, Акацуки готовят новое нападение. Лидер посылает на первый бой четырех своих помощиков - Дейдару, Сасори, Итачи и Кисаме. В ходе битвы потери оказлись достаточно немаленькими, причем с обоих сторон. Коноховцы - Наруто, Шикамару, Киба, Нейджи - легли в больницу с тяжелыми ранениями. А в организации Алая Заря потеря - был взят в плен один из Акацуки (игроки сами выберут кто).
В это время в Конохе тоже царили перемены. Тсунаде посылает нескольких шиноби в страну Риса, но не для войны - она просит у Орочимару... помощи в борьбе против Акацуки! Но Орочимару не будет Орочимару, если не попросит что-нибудь взамен. И он ставит условие - звуковики помогут только в том случае, если Хокаге вручит ему свиток с запретными техниками, который принадлежал Четвертому Хокаге Йондайме. Говорят, с помощью этих техник можно пробудить Создателя Демонов - дьявола Санако, который имеет силу всех сорока пяти хвостов.